O correto é "que horas são".

As horas não são algo, e sim um estado, logo, não é possível ter um determinado horário, e sim estar em um determinado horário.

A gramatica brasileira é bastante complexa com diversas regras e formas de escrever coisas com o mesmo significado.

Na análise morfológica as palavras são estudadas de forma isolada, não importando a função da palavra dentro de uma oração, o estudo da função das palavras nas orações é feito pela analise sintática, ou pela sintaxe.

Existem 10 classes de palavras, e a análise morfológica é o estudo de cada palavra em uma frase de forma independente, ou seja, analise a sua classe gramatical, e existem 10 delas:

Substantivos;Adjetivo;Artigo;Pronomes;Numeral;Verbo;Advérbio;Preposição;Conjunção;interjeição.

Caso queira estudar mais: