De fato a alternativa E está correta.

A construção metodológica da pesquisa científica deve levar em consideração todos os aspectos de organização e produção, como a formulação das hipóteses, objetivos, sendo uma bússola para a prática da ciência, etc.  

Ou seja, a metodologia científica busca conhecer a essência do problema, pois é a partir do método que o pesquisador poderá desenvolver as questões acerca de uma problemática inicial afim de chegar em uma resolução.

Assim,  a fundamentação teórica está diretamente ligada aos objetos relevantes do projeto, não deixando de lado elementos que servirão de base para o trabalho.