Era filha de José Basileu Gonzaga, general do Exército Imperial Brasileiro e de Rosa Maria Neves de Lima, uma mulata de origem humilde. Apesar de opiniões contrárias da família, José Basileu se casou com Rosa Maria após o nascimento da menina Francisca. Chiquinha Gonzaga foi educada numa família de pretensões aristocráticas (seu padrinho era Luís Alves de Lima e Silva, o Duque de Caxias). Ela conviveu bastante com a rígida família do seu pai. Fez seus estudos normais com o cônego Trindade, um dos melhores professores da época, e musicais com o Maestro Lobo, um fenômeno da música. Desde cedo, frequentava rodas de lundu, umbigada e outros ritmos oriundos da África, pois nesses encontros buscava sua identificação musical com os ritmos populares que vinham das rodas dos negros escravos

Inicia, aos 11 anos, sua carreira de compositora com uma canção natalina, Canção dos Pastores. Aos 16 anos, por imposição da família do pai [2] , casou-se com Jacinto Ribeiro do Amaral, oficial da Armada Imperial, e logo engravidou. Não suportando a reclusão do navio onde o marido servia, (já que ele passava mais tempo trabalhando no navio do que com ela) e as ordens dele para que não se envolvesse com a música, além das humilhações que sofria e o descaso dele com seu sonho, Chiquinha, após anos de casada, separou-se, o que foi um escândalo na época.

Leva consigo somente o filho mais velho, João Gualberto. O marido, no entanto não permitiu que Chiquinha cuidasse dos filhos mais novos: Sua outra filha, Maria do Patrocínio e do filho, o menino Hilário, ambos frutos daquele matrimônio. Ela lutou muito para ter os três filhos juntos, mas foi em vão. Sofreu muito com a separação obrigatória dos dois filhos imposta pelo marido e pela sociedade daquela época, que impunha duras punições a quem desfizesse um casamento.