O senso comum é o conhecimento adquirido de forma popular, onde normalmente é passado de pai para filho ou entre os indivíduos da comunidade. Ex disso é o conhecimento a respeito de ervas ou remédios caseiros onde as pessoas sabem os benefícios mas não tem um conhecimento do porque te dais benefícios. O senso comum tente a ter mais erros do que o conhecimento científico, pois não existe uma preocupação em atestar a veracidade e se deixa influenciar por crendices como por exemplo afirmar que manga com leite faz mal. 

Já o conhecimento científico é adquirido de forma empírica, ou seja, com a observação de fenômenos e estudo dos mesmos. Embora a ciência possa cometer erros, estes são mais raros que no senso comum devido ao cuidado em estudar e atestar tais fenômenos.
 se não entender aqui fala sobre isso http://www.coladaweb.com/filosofia/conhecimento-cientifico-e-senso-comum