A Escolástica se baseava, principalmente, no uso da razão e da lógica, usando de vários métodos para dirimir todas as dúvidas, os fatos nebulosos e as ambiguidades, Consequentemente, deu-se uma cisão entre ela e a Teologia, que não admitia nenhum tipo de pensamento independente nem nenhum questionamento pessoal. A Escolástica acabou por parecer-se muito com a Ciência, o que desagradava os religiosos e filósofos Cristãos.

Separaram-se os grupos de de pensamento diferente quanto à essência do que devia ser a Escolástica, ocorrendo a cisão definitiva entre a Fé e a Razão. A ruptura definitiva ficaria a cargo do Franciscano Inglês Guilherme de Ockham no século 14, abrindo de vez as portas para a Ciência moderna.