Seu método era dedutivo, ou seja, era baseado nas ideias e não na experiência. Seu método era constituído pela dúvida, onde ele duvidava dos sentidos, dos próprios sonhos, tinha dúvida de que estávamos sendo enganados por algo maligno e ele duvidava da própria dúvida. Então assim Descartes concluiu que suas dúvidas eram constituídas por um pensamento, e como dizia Sócrates: "Logo penso, logo existo". Então a partir daí ele obteve sua primeira certeza, tendo a existência garantida pelo pensamento. Por seguinte ele obteve sua segunda certeza, onde sua existência era garantida por uma divindade exterior, Deus. E para explicar a existência de Deus ele parte da própria explicação das idéias, como por exemplo a idéia que temos de um unicórnio, uma idéia fictícia criada com a junção elementos reais, agora quanto a idéia que temos de Deus, como nós criamos a idéia de que ele existe? Se não temos elementos reais que comprovem a sua existência e nem para podermos juntar esses elementos e visualizá-lo, mas ainda assim nós criamos essa idéia, e para justificar isso Descartes diz que nesse caso é preciso de uma força exterior que crie essas ideias em nossa mente, no caso Deus, e assim ele justifica a sua segunda certeza.