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A respiração dos peixes é chamada de respiração branquial. Esse tipo de respiração ocorre com a entrada da água pela boca do peixe, seguindo até os filamentos da brânquias, onde as lamelas absorvem o oxigênio da água e secretam para a água o dióxido de carbono.

Os peixes ósseos, também chamados de osteíctes, conseguem aspirar a água mesmo que estejam parados. O oxigênio é absorvido nas lamelas e filamentos, passando para o sangue do animal e o gás carbônico é levado junto com a água através de uma abertura chamada opérculo para fora do mesmo.

Já os peixes cartilaginosos, também chamados de condrictes, precisam estar em movimento para que absorvam a água, além disso, eles não tem opérculo para que a água saia. Os peixes cartilaginosos precisam nadar constantemente para que a água entre pela cavidade bucal e passe pelo organismo, a água sai pelas fendas brânquias e a troca gasosa é feita.