A diferença está na organização celular, a eucarionte tem carioteca, fazendo com que o material genetico fique concentrado no núcleo, enquanto que na procarionte fica espalhado no citoplasma. Na eucarionte existem outras membranas, o quefaz com que apareçam organelas membranosas ( golgiossomo, mitocôndrias, reticulos...) e nas procariontes tem apenas ribossomos. Os ribossomos são conhecidos como organelas universais porque toda célula possui eles.