Por conta do relevo, a maioria dos rios segue em direção de leste para oeste. As duas principais bacias hidrográficas são a Bacia do Paraná e a Bacia do Uruguai. Os rios da região tem grande potencial hidrelétrico. A Usina de Itaipú, uma das maiores usinas hidrelétricas do mundo, localiza-se no Rio Paraná.