Ponto positivo: pode-se citar a produção de remédios, plantas resistententes a insetos e doenças, melhorias de produtividade, produção de metabólitos secundários em plantas, microrganismos e animais com as mais variadas aplicações possíveis. 
Ponto negativo: o genoma de um ser vivo é algo muito complexo e a manipulação genética pode gerar efeitos indesejados, como a produção de toxinas em um alimento ou o cruzamento de uma espécie geneticamente alterada com espécies selvagens, que poderia resultar, por exemplo, em uma planta daninha altamente resistente ao herbicida que deveria matá-la (ou um inseto resistente a inseticida).