Caro Paulo, 

As principais diferenças são:

1) A Unidade de conservação de uso sustentável admite a exploração de alguns dos recursos naturais do local, como formas responsáveis de retirar a maneira de maneira que o ecosistema não seja muito afetado. Já na Unidade de Proteção integral nenhuma exploração é admitida.

2) Há um planejamento e acompanhamento da exploração dos recursos naturais da área de conservação de uso sustentável, bem como quem poderá se beneficiar deles. Na área de proteção integral o benefício é de todos os cidadão, com a natureza intocada do local.