São os que correspondem à água doce e salgada - rios, lagos, lagoas, mares, oceanos. Os corpos hídricos, entretanto, são os menos conhecidos pelo ser humano, já que o maior percentual de estudos se baseia em ambientes terrestres. Mas alguns sistemas, são muito bem conhecidos, como os recifes de corais, os estuários e os manguezais, por exemplo.