Alguns afluentes importantes do Amazonas são: o Ucayalli e Huallaga (no Peru), o Javari, Madeira, Purus, Juruá, Xingu e Tapajós, na margem direita; na margem esquerda são o Pastaza e Napo (no Peru), Negro, Japurá, Trombetas, Içá, Jari e Paru.