Após o fracasso das capitanias hereditárias, o governo português criou novos mecanismos com o objetivo de proporcionar a colonização do Brasil. Inicialmente, a intenção não era acabar com as capitanias, mas sim, centralizar política e economicamente a colônia. A função principal do governador-geral era coordenar a colonização fortalecendo as capitanias contra as resistências indígenas, além de fiscalizar as capitanias e apoiar a cultura de cana-de-açúcar.
O primeiro governador-geral escolhido foi Tomé de Sousa, um militar e político português. Tomé de Sousa chegou ao Brasil em 29 de março de 1549, juntamente com soldados, colonos, materiais para se construir a primeira cidade e alguns animais.

Tomé de Sousa fundou a cidade de Salvador em 1549, o centro do governo e primeira capital do Brasil. Além disso, Tomé de Sousa proporcionou o grande desenvolvimento da agricultura e pecuária. Pensando nas possibilidades reais de invasões de piratas estrangeiros e na manutenção do domínio português, o governador-geral distribuiu armas e munições aos colonos e construiu várias fortalezas em áreas estratégicas.

No âmbito religioso, o governo de Tomé de Sousa foi muito importante. Com ele vieram os primeiros jesuítas e nesse período foi criado o primeiro bispado do Brasil. Os jesuítas, chefiados por Manuel da Nóbrega, começaram a evangelização dos índios, criando também o primeiro colégio do Brasil. Além disso, os jesuítas tentavam impor aos portugueses as normas da moral cristã no relacionamento com os indígenas, visto que a escravização dos índios e a exploração sexual das mulheres indígenas era um fato presente na época. foi um militar e político português, primeiro governador-geral do Brasil, quando este atendia por colônia do Brasil, chegado em 1549.