Para o cargo de primeiro governador do brasil nomeou tomé de souza, que recebeu do rei poderes pertencentes aos donatários; era ele agora o chefe da administração e o comandante militar da colônia. ele chegou à bahia, em 1549, acompanhado de cerca de mil pessoas: um arquiteto, vários pedreiros, carpinteiros, degredados (pessoa expulsa de portugal sob acusação de pequenos furtos), funcionários, soldados e jesuítas chefiados por manuel da nóbrega. com eles deu início à construção da cidade de são salvador, a primeira capital do brasil.