Com a queda do império napoleônico, D. João VI retorna a Portugal em 1821 para reassumir o trono, ameaçado pela Revolução Constitucionalista do Porto. Leva consigo as reservas metálicas do Banco do Brasil, agravando com isso a crise financeira que ameaçava sua estabilidade. Em 1828, ao expirar seu prazo estatutário de duração, chegou a emitir bilhetes de 1.000 e 2.000 réis para atender à falta de notas de pequeno valor. As duas primeiras emissões, feitas com chapas gravadas em Londres, consistiram de bilhetes impressos em preto sobre papel muito fino, apenas de um lado, destinando-se o outro à assinatura autenticadora. A terceira emissão foi feita com bilhetes estampados de ambos os lados, em preto ou em cores, com a mesma ilustração da segunda emissão, agora ladeada por figuras de crianças simbolizando o comércio. Na lei de 23 de setembro de 1829, que decretou a liquidação do banco, o governo assumia a responsabilidade pelas emissões anteriores, substituindo-as por cédulas de novo padrão, que deveriam ser recebidas até seu completo resgate.  

Ao retornar D. João VI a Portugal, seu filho D. Pedro assume o governo do Reino na condição de Príncipe Regente. Sonhava D. João que, com sua morte, pudesse D. Pedro herdar o trono de Portugal e manter a união dos dois reinos, apesar de já se esboçarem, quando de sua volta a Portugal, movimentos tendentes à independência do Brasil. No entanto, as tentativas do governo constitucional de Lisboa de fazer o Reino reverter à condição de colônia aceleram o processo, levando o próprio Regente a proclamar a independência em 1822 e a ser aclamado Imperador Constitucional e Defensor Perpétuo do Brasil, com o título de D. Pedro I.