:  No começo eles tinham uma relação de protocooperação afinal a igreja queria adeptos e o estado queria através da fé e dos ensinamentos religiosos, diceminar sua cultura pros indios e torna-los civilizados. 
Tinham expedições religiosas para catequizar os indios e tal.. tudo isso com os portuguêses de olho para seguir o sistema da europa antiga (de forma mascarada) no estilo piramidal : "Nobreza governa e luta, Clero Reza e campestre trabalha e assim deus quer!" 
Depois houveram alguns probleminhas porque a igreja era contra a maçonaria e Dom Pedro era maçom etc... Mas sempre caminharam lado a lado..