Acredito que dependa do tipo de usuário.
Por exemplo, para instalar alguns programas que não estão presentes na Central de Aplicativos, você precisará utilizar o terminal (Conhecido como Prompt de comando no Windows) para instalá-los manualmente. Algo que pode assustar quando se tem o primeiro contato com o Linux, principalmente quando estamos acostumados com os instaladores do Windows, que fazem esse processo quase que automaticamente.

Outro exemplo é com os drivers (principalmente de placas de vídeo) que, ao contrário do Windows, nem sempre tem disponível o mais recente. (Mas tem, ou seja, não é algo que inviabilize o uso do computador).

E para aqueles que necessitam de algum programa que só está disponível para Windows, como o pacote Office, precisará optar por programas alternativos (Como o LibreOffice). Questão de costume, acredito eu.

No geral, são essas as desvantagens que considerei quando migrei do Windows para o Linux. Espero que a resposta tenha sido útil.