Bom dia!

Diretórios são uma organização hierárquica significa que também são organizados em conjuntos por meio de outros diretórios. Assim podemos dizer que um diretório é um conjunto de arquivos e diretórios.

Arquivo é um conjunto de dados digitalizados que pode ser gravado em um dispositivo de armazenamento e tratado como ente único; documento [Pode conter um programa ou textos, imagens, som etc.].

Resumindo:

Diretório ele vai englobar os arquivos , o que também pode existir diretório dentro de diretórios.