ON : é usado quando algo está fazendo contato com a superfície. "The book is ON the table" porque o livro está fazendo contato com a superficie da mesa.
In: é usado para descrever que algo está fisicamente DENTRO de uma barreira e/ou fronteira...Por exemplo, qundo eu digo “I live in Brazil”, é porque eu estou dentro da fronteira brasileira.
AT : é comum ser usado para descrever um lugar em geral. Ou seja, usando o nome do lugar, não especificando sua localização exata...Um bom exemplo para ver a diferença é dizer: “I am AT the mall, IN the sports shop.”