Para Dalton, o átomo era uma esfera maciça e indestrutível, não possuía cargas (positivas ou negativas), não eram criados e nem destruídos, mas sim rearranjados, e a matéria era feita pela associação de átomos que são todos idênticos.

Para Thompson, o átomo seria uma esfera positiva com elétrons encrustados e seria eletricamente neutro. (Esse modelo é conhecido como pudim de passas)

Para Rutherford (e Bohr), os átomos possuíam duas regiões, o núcleo e a eletrosfera. No núcleo haveriam nêutrons e prótons, na eletrosfera estariam os elétrons. A massa do átomo estaria contida toda no núcleo, já que a massa do elétron seria desprezível. A organização do átomo seria igual ao do sistema solar. (Esse é o modelo usado atualmente)