O metabolismo pode ser aeróbio, em que o aceptor final de elétrons é o oxigênio, ou anaeróbio, em que o aceptor final de elétrons é uma molécula inorgânica. As bactérias aeróbias produzem 38 moléculas de ATP a partir de uma molécula de glicose. Enquanto que as bactérias anaeróbias produzem apenas 2 moléculas de ATP.