Sao classificados em: Rizópodes, Flagelados, Ciliados e Esporozoários. 

Rizópodes: Locomovem-se por pseudópodes e se reproduzem por cissiparidade. Exemplos: amebas.

Flagelados: Locomovem-se por flagelos e se reproduzem por cissiparidade. Os flagelos são longos filamentos em pequeno número, geralmente apenas um. Alguns flagelos apresentam pseudópodes.

Ciliados: Locomovem-se por cílios e podem se reproduzir por cissiparidade (assexuada) ou conjugação (sexuada). Os cílios são filamentos curtos e numerosos. Pode ocorrer a fusão de cílios, formando cirros, que são mais grossos, e membranelas. Exemplo: Paramecium.

Esporozoários: São protozoários parasitas que não possuem organelas de locomoção. Sua reprodução ocorre por esporulação (assexuada) ou sexuada através de células que se diferenciam em gametas no corpo do hospedeiro. Exemplos: Plasmodium e Toxoplasma