Estrutura primária: Cadeia polipeptídica
O primeiro nível de organização estrutural é a chamada estrutura primária. Esta última não é mais do que a sequência específica de aminoácidos que compõe a cadeia polipeptídica.
Estrutura secundária: A hélice-alfa e a folha-beta
A cadeia polipeptídica é flexível podendo rodar em torno de três ligações químicas diferentes.
Estrutura terciária: Junção de estruturas secundárias
O resultado das interacções hidrofóbicas entre os aminoácidos e a água é a coalescência e o empacotamento dos elementos de estrutura secundária naquilo a que geralmente se chama a estrutura terciária da proteína. O arranjo tridimensional (ou conformação) dos átomos da proteína na estrutura terciária é de extrema importância porque geralmente coincide com a chamada estrutura nativa, a estrutura que confere à proteína uma função biológica específica.