Olá, bom dia!

Pode-se afirmar que a diferença estrutural se baseia na ausência da membrana nuclear ou carioteca.

Dessa forma, observa-se que em procariontes, não existe uma membrana envolvendo e protegendo o núcleo, de forma que este recebe inclusive a nomenclatura de "nucleoide", uma vez que encontra-se completamente disperso no citoplasma.

Já os organismos eucariontes possuem células mais complexas, principalmente por possuírem uma carioteca envolvendo o material genético.

Espero ter ajudado, bons estudos!