Os protozoários oportunistas, são aqueles que não causariam maiores problemas para um indivíduo com um sistema imune normal, no entanto podendo causar graves problemas para aqueles indivíduos que estão com o sistema de defesa comprometido, seja por uma infecção como no caso da AIDS, ou em indivíduos transplantados, que necessitam de imunossupressores.