A destruição da Mata Atlântica começou no início da colonização européia, com a extração do pau-brasil (Caesalpinia echinata) e continua até os dias atuais, principalmente pela pressão urbana.

A Mata Atlântica originalmente ocupava 16% do território brasileiro, distribuída por 17 Estados: Rio Grande do Sul, Santa Catarina, Paraná, São Paulo, Goiás, Mato Grosso do Sul, Rio de Janeiro, Minas gerais, Espírito Santo, Bahia, Alagoas, Sergipe, Paraíba, Pernambuco, Rio Grande do Norte, Ceará, e Piauí. Atualmente este ecossistema está reduzido a menos de 7% de sua extensão original, dispostos de forma fragmentada ao longo da costa brasileira, no interior das regiões Sul e Sudeste, além de trechos nos estados de Goiás, Mato Grosso do Sul e no interior dos estados nordestinos.Do que se perdeu, pouco se sabe, milhares, ou talvez milhões, de espécies não puderam ser conhecidas.

Das espécies vegetais, muitas correm risco de extinção por terem seu ecossistema reduzido, por serem retiradas da mata para comercialização ilegal ou por serem extraídas de forma irracional como ocorreu com o pau-brasil e atualmente ocorre com o palmito juçara (Euterpe edulis), entre muitas outras espécies.
Para a fauna, observa-se um número elevado de espécies ameaçadas de extinção, sendo a fragmentação deste ecossistema, uma das principais causas. A fragmentação do habitat de algumas espécies, principalmente de mamíferos de médio e grande porte, faz com que as populações remanescentes, em geral, estejam subdivididas e representadas por um número consideravelmente pequeno de indivíduos.
Apesar de toda a destruição que o ecossistema vem sofrendo, aproximadamente 100 milhões de brasileiros dependem desta floresta para a produção de água, manutenção do equilíbrio climático e controle da erosão e enchentes.