Bem eu não entendi bem a parte da sua pergunta "por que os primeiros", mas se quer somente saber a diferença entre os Eucariontes e Procariontes posso ajudar um pouco.
Procariontes não possuem "Carioteca" que é uma membrana que cobre o núcleo da célula, sendo a essa a principal diferença entra ambas. Também não possuem: Mitocôndrias, (alguns) tipos de Organelas,entre outros. e o DNA fica disperso pelo Citoplasma.
Já Eucariontes possuem Organelas, Membrana nuclear individualizado sendo mais complexa que as Procariontes.