Homozigoto é utilizado para representar quando temos um par de alelos na genética que são iguais. Por exemplo:
Aa é um par heterozigoto, pois possui genes diferentes.
Já aa é homozigoto por possuir os genes iguais.
Já genótipo é utilizado para se referir a toda constituição genética de um indivíduo, por inteiro. Quando dizemos que um indivíduo é AABb  por exemplo, estamos nos referindo ao genótipo dele.