A principal  diferença entre eubactérias e arqueobatérias está relacionada ao fato da presença ou não da estrutura da parede celular.

Sabe-se que as arqueobactérias, apesar de serem organismos pertencentes ao Reino Monera, apresentam características divergentes das eubactérias, especialmente a presença de parede celular, além de fatores genéticos, constituição fosfolipídica da membrana, e a possibilidade de sobrevivência em condições extremas.

Acerca das arqueobatérias, ainda podemos salientar que estas se diferem das primeiras, pela realização do processo fotossintético, assim como ocorre com as cianobactérias e os vegetais.

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