Sua função como produtora de melatonina foi descoberta apenas nos anos de 1950. 
A glândula pineal produz melatonina, a substância responsável pela regulação do nosso ritmo circadiano, que controla os ciclos vitais do corpo humano, como os padrões de sono e o relógio biológico.
Um estudo de 2016 analisou as conexões entre a melatonina e a saúde cardiovascular. Os pesquisadores encontraram evidências de que a melatonina produzida pela glândula pineal pode ter um impacto positivo no coração e na pressão sanguínea. Ela também pode ser usada para tratar doenças cardiovasculares.