Caso seja procarionte, a diferença básica é em relação ao núcleo.
as células procariontes não possuem um núcleo definido, ou seja, os materiais que ficam dentro do núcleo estão espalhadas dentro da célula.
as células eucariontes, possuem um membrana (membrana eucariótica) que definim o seu núcleo, logos os materiais dentro do núcleo não se misturam com as células.