A água poluída com agrotóxicos pode prejudicar na questão sobre  a fauna e a flora aquática. “A poluição que ocorrera na água pelos agrotóxicos tem efeito voltado aos seres vivos que vivem na água,  de um modo geral. Se o veneno que chega nas águas for o herbicida, o efeito é direto e podera, matar as plantas aquáticas. Se o rio for contaminado por um veneno que mata animais pode vir a falecer os peixes menores.