O tratamento da doença de chagas deve ser indicado por um médico, após a confirmação da doença. O remédio, chamado benznidazol, é fornecido pelo Ministério da Saúde, gratuitamente, mediante solicitação das Secretarias Estaduais de Saúde e deve ser utilizado em pessoas que tenham a doença aguda assim que ela for identificada. Para as pessoas na fase crônica, a indicação desse medicamento depende da forma clínica e deve ser avaliada caso a caso.

Em casos de intolerância ou que não respondam ao tratamento com benznidazol, o Ministério da Saúde disponibiliza o nifurtimox como alternativa de tratamento, conforme indicações estabelecidas em Protocolo Clínico e Diretrizes Terapêuticas.

Independente da indicação do tratamento com benznidazol ou nifurtimox, as pessoas na forma cardíaca e/ou digestiva devem ser acompanhadas e receberem o tratamento adequado para as complicações existentes.